Bachova rostoucí pověst virtuóza na klávesové nástroje mu získala první významné místo varhaníka v Novém kostele v Arnstadtu. (ustanovující dekret z 9.8.1703). Bachův pobyt se zde ale nevydařil. Byl posedlý hrou na varhany a odmítl vést hochy ve školním sboru.

Po nešťastných okolnostech v Arnstadtu , získal Bach další místo jako dar nebes. Když mu bylo dvaadvacet let, dostal se na post ve svobodném říšském městě Mühlhausenu, tam také napsal první velké kantáty. Po roce byl však Bach nespokojen jak říkal s nedostatkem dobré církevní hudby v Mühlhausenu a rozhodl se odejít.

Když bylo Bachovi 23 let, získal dvojnásobný příjem, protože odešel do Výmaru, kde sídlil jeden z největších dvorů v Německu a kde pracoval pro dva vévody. Wilhelma Ernsta a Ernsta Augusta. Bach byl sice velice mladý, ale ve Výmaru zbohatl, navíc tu začala jeho kariéra. Za svého působení ve Výmaru se Bach setkal s hudbou italského skladatele Antonia Vivaldiho. Jeden z Bachových žáků, mladý princ Johann Ernst, přivezl z Amsterodamu do Výmaru sbírku Vivaldiho koncertů z r.1712 – L´Estro armonico a Bach je začal upravovat pro klávesové nástroje. V r. 1714 byl Bach povýšen na koncertního mistra. V dalších třech letech pak vytvořil přepisy koncertů, řadu mistrovských kostelních kantát a spoustu varhanních děl, včetně 18 varhanních chorálů, k nimž se ještě koncem života vrátil. Bachovo angažmá ve Výmaru však skončilo dramaticky. Kvůli žárlivosti mezi oběma vévody byl pominut při obsazování nejvyššího postu, a to kapelníka. Naštěstí mu bylo nabídnuto jiné kapelnické místo v Köthenu, ale Wilhelm Ernst mu nepovolil ihned odejít. Bach se rozzlobil a byl pak za hrubost uvržen skoro na měsíc do vězení.

Bach začal na novém působišti v Köthenu v prosinci 1717. Jeho pán, kníže Leopold, byl o devět let mladší a utrácel 1/4 dvorského rozpočtu na svého velkého koníčka – na hudbu. Nyní měl skvělého J.S.Bacha jako kapelníka i jako skladatele. Jako dvorní kapelník v Köthenu dostával plat 400 tolarů, což bylo právě tolik, kolik dostával dvorní maršálek, druhý nejvyšší dvorní hodnostář.

V létě jezdíval mladý kníže Leopold do slavných lázní – do Karlových Varů. Bach ho tam doprovázel dvakrát. Za druhého pobytu v K.Varech Bachovi náhle zemřela manželka Marie Barbora. V šestatřiceti letech se pak oženil s profesionální sopranistkou Annou Magdalenou Wilkenovou, která byla o 16 let mladší a kterou již znal a s níž spolupracoval. O Bachově vztahu s první manželkou se neví v zásadě nic. Mnohem více se ví o jeho vztahu k Anně Magdaleně. Psal speciálně pro ní skladby.

V Köthenu pak Bach pokračoval ve studiu klávesové hudby a psal sbírku dvojic skladeb v každé tónině v dur a v moll ve vzestupném pořadí. (C dur, c moll, Cis dur, cis moll, D dur, d moll, Es dur, es moll …atd BWV 846-893). U každé dvojice předchází fugu, v níž je téma zpracováno systematicky a kontinuálně v každém hlase, preludium, které má často harmoničtější charakter a fugu uvádí. Bach nazval sbírku Dobře temperovaný klavír ( Das Wohltemperierte Klavier). Tento titul zřejmě hájí systém ladění klávesových nástrojů, v němž má každá tónina poněkud odlišný charakter. Narozdíl od jiných nástrojů, klávesové nástroje požadují pro každou klávesu, ať jde o bílé, či o černé klávesy, struny, naladěné předem stanoveným způsobem. Pokud jsou určité tóniny naladěny absolutně čistě, pak jiné budou znít falešně. Nalézt ladicí systém, kde vše lze tolerovat, je možné dvěma způsoby. V jednom užívaném dnes je vše poněkud nepřesné, ale stejným způsobem. V Bachově době bylo cílem pokusit se najít ladicí systém, v němž jisté klávesy by byly čistější s výsledkem, že jiné by byly méně čisté, ale ještě tolerovatelné. Revolučnost takového ladicího systému spočívá v možnosti poprvé použít tyto tóniny. Samotné i spolu. Hudba už nikdy nebude jako dřív.

V tomto období Bach složil další, dnes velmi známé skladby, t.j. orchestrální svity (BWV 1066-1069), koncerty, dnes známé jako Braniborské koncerty ( BWV 1046 – 1051), které Bach věnoval Christianu Ludwigowi, markraběti braniborskému a další, převážné orchestriální díla.

Rozpočet na hudbu v Köthenu byl snížen, když byl kníže Leopold požádán o vojenskou pomoc Prusku. Bach si požádal o prestižní post kapelníka a kantora v kostele sv.Tomáše v Lipsku. V osmatřiceti letech byl ustanoven na toto místo, které z něj vlastně učinilo ředitele hudby v celém městě. Zůstal v něm až do konce života. Zde se opět začal převážně věnovat skladbou duchovní hudby.

Církevní škola u sv.Tomáše pěstovala tradici chorálů, která trvala pět století. V Bachově době škola působila ve čtyřech velkých kostelích. Dnes svatotomášský sbor – Thomanerchor, sleduje tytéž tradice jako za Bacha. Počátkem 18. st. se lidé v Lipsku zajímali, jaká domácí hudba je na nedělním programu a navštěvovali tak generální zkoušky. Z tohoto vznikla dnešní moteta o sobotách.

V prvních letech v Lipsku psal Bach kantátu každý týden. Ke složení kantáty musel Bach najít nejdříve vhodný text a nechat si ho schválit církevními úřady. Autografy partitur ukazují, že začal s úvodní částí a pokračoval bez přípravy až dokonce. Když byla partitura hotová, museli se rozepsat hlasy. Celé dílo slyšel Bach jen jednou před vystoupením v neděli. Za šest let v Lipsku napsal Bach ohromující počet asi 190 kantát. Během tohoto období zkomponoval m.j. Magnificat (BWV 243), Janovy (BWV 245) a Matoušovy pašije (BWV 244).

Do r.1730, kdy Bachovi bylo 45 let, se jeho gigantická produkce kantát značně zpomalila. Byl hluboce nešťastný s církevními poměry v Lipsku. Své stížnosti vysvětlil v memorandu lipské městské radě.

Po roce 1734 se Bachova už stagnující situace v Lipsku zhoršila, když nový rektor sv.tomášské školy chtěl věnovat menší pozornost církevní hudbě. Jejich spor nakonec rozhodl saský soud v Drážďanech, a to po té, co byl Bach jmenován čestným kapelníkem a skladatelem saského kurfiřta. Jedno z Bachových děl, které bylo ovlivněno novým stylem, se objevilo v r.1742. Byla to řada variací, které si údajně objednal Drážďanský šlechtic Keiserlink, jenž bojoval proti nespavosti tím, že mu hrál cembalista Gotlieb Goldberg.

Dalším městem, které Bacha přitahovalo v posledním desetiletí jeho života svou politickou mocí i kulturou byl Berlín. Jeho nejslavnější návštěva Berlína se uskutečnila v r.1747. Tehdy ho přijal pruský král Bedřich Veliký (1712-1786), sám schopný hráč na flétnu. Král požádal Bacha, aby improvizoval na dané téma. Skladatel mu vyhověl a slíbil, že improvizaci zapíše. To se pak stalo součástí Hudební obětiny ( Musikalisches Opfer BWV 1079 ) v níž je královské téma zpracováno s oslňující záplavou kontrapunktické a galantní invence.

Na sklonku života byl Bach fascinován rigorózní a složitou hudbou italského skladatele Palestriny ze 16. st. Zejména některými jeho díly v přísném stylu zvaném style antico . Jedním z nejlepších příkladů vlivu style antico na Bacha je jeho mše h-moll. Mše za jeho života nebyla provedena. Sestává z hudby zkomponované mezi léty 1714 – 1749 a spojuje všechny proudy jeho hudební tvorby. Je to antalogie i shrnutí jeho chorálové tvorby překlenující v obrovském množství stylů. Jedná se o jedno z nejvrcholnějších děl ( BWV232).

Bach na konci života pracoval na třech projektech, z nichž každý představuje souhrn jeho uměleckých aspirací. Mše h-moll, 18 lipských chorálů a Umění fugy (Kunst der Fuge BWV 1080). Umění fugy představuje vyčerpávající ukázku všech kontrapunktických stylů 17. a 18. st. Fugy, které se objevují v základním tvaru a inverzi, kánony v nichž imitace nastupují v různých intervalech mezi hlasy a jednoduché až čtyřhlasé fugy. To vše je založeno na jediném tématu. Pro ukázku klikni. Poslední z nich je čtyřdílná fuga jejíž třetí téma je založeno na hudebních tónech s Bachovým jménem : B-A-C-H. Toto poslední téma mělo být hlavní. Autograf této fugy je však neúplný. Bach na konci života onemocněl šedým zákalem a prakticky oslepl. Počátkem roku 1750 byl operován, ale později téhož roku byl stižen mrtvicí. Zemřel 28.7.1750 v Lipsku ve věku 65 let